Markus Pieper studierte Geographie und Volkswirtschaft in Hannover und Göttingen. Nach dem Studium arbeitete er zunächst als Unternehmens- und Kommunalberater. Später wechselte er als Geschäftsführer zur Handelskammer Osnabrück-Emsland. Von 1994 bis 2004 war er Lehrbeauftragter der Universität Osnabrück. Seit 2014 lehrt er an der Westfälischen Wilhelms-Universität in Münster mit den Schwerpunkten Europäische Integration und Lobbyeinfluss. Seit 2004 ist er für die CDU Europaabgeordneter für Nordrhein-Westfalen.

Über die politischen Funktionen hinaus engagiert er sich ehrenamtlich in der Europa-Union e.V. sowie seit 2004 als stellvertretender Vorsitzender beim Deutschland- und Europapolitischen Bildungswerk NRW (DEPB), seit 2007 als Mitglied im Kuratorium des Max-Planck-Instituts für molekulare Biomedizin und seit 2016 als Mitglied im Kuratorium für Energie- und Bergrecht der Ruhr-Universität Bochum. Seit 2021 ist er Beiratsmitglied im Internationalen Wirtschaftsrat, Berlin. 2022 wurde Markus Pieper in den Beirat der „EPICO KlimaInnovation“, Berlin, berufen, eine Denkfabrik und Netzwerk für nachhaltige, marktbasierte und innovationsorientierte Klima- und Energiepolitik.